CR400AF-E，是继唐厂的CRH-0306后第二款出厂的卧铺型高速动车组，结合了CR400AF-G、CRH2E纵向卧铺型以及CRH2E-2461这三款动车组进行改进，采用大量的新技术以及新的涂装，适合运行超长距离的高铁车次，该车能够在高寒、高海拔、风沙地区行驶，能够满足在京哈高铁以及兰新第二双线运行。
和以往的卧铺型动车组不一样，该车型最大的特点设置了商务座、包厢卧铺以及纵向卧铺和餐车，可以满足单人出行或全家出行旅游的需求，同时，商务座采用CR400AF-Z型的鱼骨式商务座，包厢卧铺具有卧代座的功能，纵向卧铺采用与CRH2E纵向卧铺型同款的布局，餐车和以往的车型也有大大不同，另外司机室后面还设置了司机专用卧铺，方便轮乘司机休息。
动车组外观与CR400AF型基本一致，但涂装主色改用与CR300AF的蓝暖男一样，红色色带则参考了CR400AF-Z。同时依然配备了驾驶室司机小门，避免打扰商务座休息的旅客。同时，司机室小门位置向后偏移并取消了玻璃，改用通过摄像头来观察司机室外的情况。
动力方面，和CR400AF-A基本一致，8动8拖，全车电机功率为20000kw，牵引电机采用中车株洲制造的YQ-625型电机，牵引逆变器采用中车时代的t-power系列。而受电弓位于3车、6车、11车以及14车。
商务座车（SW）
位于1车和16车，每节车厢定员10人，采用与CR400AF-Z智能型动车组相同的鱼骨式商务座。座位可以纯180度躺平和无线充电/USB充电、插座、阅读灯以及每个座位配备ptv
软卧车（包厢）
位于2车、3车、14车以及15车，每节车厢定员36人，每节车厢共配置了9个包间，每个包厢设置4个铺位，每个铺位均有插座、衣帽钩、USB充电口以及阅读灯。在其它情况下可以卧代座功能。
软卧车（纵向）
位于4-7车、9-13车，每节车厢定员46人，共设置46个卧铺，纵向卧铺能有更好的私密性空间，采用上下铺设计且均有观景车窗，每个铺位均有插座、USB充电口、阅读灯、置物桌以及独立窗帘。
餐车（CA）
位于8车，和之前传统的二等座车/卧铺车、餐车合造车不同，考虑到列车运行比较长，餐车内厨房比以往动车组的要大，厨房内的存货量亦比以往动车组的要多，餐车售卖的餐食也比以前的动车组要多，并设置可以就餐的坐席。另外，机械师室也位于此车厢。