很多人将保税仓、保税区、保税仓库等混淆，其实三者在海关监管中属于不同规章制度调整范畴，运作模式及要求存在很大差异。如频繁出现于跨境电商报道中的“保税仓”，通常是指海关特殊监管区域及保税物流中心（B型）内的仓储场所，并非指保税仓库，“保税仓”虽然颇为精准地表达了对跨境电商开展场所的要求，但它不是海关专有名词或术语。有的则误认为设立在综合保税区、保税港区内的仓储场所就是保税仓库，其实两者在海关监管中有严格区分，如在运作主体、场所规模、验收主体、卡口及地磅、查验场地、视频联网、计算机系统等方面均存在不同要求。
保税仓库，是指经海关批准设立的专门存放保税货物及其他未办结海关手续货物的仓库。
按照使用对象不同分为两类：（1）公用型保税仓库，专门向社会提供保税仓储服务。（2）自用型保税仓库，仅存储供本企业自用的保税货物。
此外，保税仓库中专门用来存储具有特定用途或特殊种类商品的称为专用型保税仓库（专用型保税仓库可以是公用型的，也可是自用型的），可分为四大类：
（1）液体保税仓库，存储原油、航空煤油、植物油等油气液体化工品
（2）备料保税仓库，是加工贸易企业存储仅限于供应本企业的进口原材料、设备及其零部件的保税仓库
（3）寄售维修保税仓库，存储为维修外国产品所进口寄售零配件
（4）其他专用型保税仓库，如存储黄金的专用型保税仓库