从各地实践来看，当前楼宇党建工作面临的现实挑战如下：
1.部分企业负责人对楼宇党建工作持有怀疑或抵触情绪
大多数楼宇内企业私有性质比较突出，且规模较小，主要以获取高额利润为目的，往往忽视了对他人和社会的外部性效应问题。外部性效应具有正外部性和负外部性之分，正外部性效应是楼宇内企业应当争取的，它会直接影响到企业形象和产品质量能否被社会所认可，会对楼宇企业的可持续发展产生重要影响。虽然“调查显示，目前半数以上的‘两新’组织对党建工作持认同或支持态度，抵触情绪明显减少”，但仍有部分楼宇企业负责人至今没有意识到楼宇党建对楼宇经济发展的成效，对楼宇党建持有怀疑或抵触情绪，这种情绪直接影响到楼宇企业内部员工尤其是青年党员参与楼宇党建工作的积极性。因此，这些楼宇企业负责人大多是应付楼宇党建工作，没有真正从内心深处加以认同，更谈不上认真付诸实践和主动配合地方党委和楼宇党组织开展党建工作。
2.楼宇人才流动性大，价值多元化，对楼宇党建工作形成严峻挑战
在社会主义市场经济背景下，楼宇企业人才在资本和利益的驱动下，经常会选择“跳槽”，以获取更好的待遇和发展前途。加之很多员工是外地人，这种流动性非常频繁，不便管理。另外，由于大多数楼宇企业为非公有制企业，规模小，员工少，党员少，愿意公开身份并把组织关系转过来的党员就更少得可怜，从而导致商务楼宇党组织和党员“躲猫猫”之怪现象的产生。由此可见，要对楼宇内企业的党员进行有效的党务、政务和社务集训，这是何等艰难。不仅如此，由于城市商务楼宇聚集着一批年轻白领，他们或是技术型人才，或是管理型人才，或是刚毕业的大学生，或是毕业数年的企业职员，或是党员，或是无党派人士，他们的价值主体凸显、追求异质性、价值多元化，通过党建工作尤其是党组织的思想政治工作凝聚他们的人心，实现他们思想价值上的高度统一难度很大，这同样是楼宇党建工作不得不面对的又一严峻挑战。
3.楼宇党建相关部门职能不协调，难以为楼宇企业和党员提供有针对性的服务
尽管楼宇党建随着国内外形势的发展显得越发重要，但由于楼宇党建相关部门职能却不协调，难以为楼宇内企业和员工提供有针对性的服务，从而导致有些楼宇内的企业党组织不愿意归属社区党组织管理。社区党组织无法号召驻楼企业有效行动，与驻楼企业有密切关联的行业协会和物业公司由于行业党建工作滞后，其作为龙头企业的推动和示范作用也远没有充分发挥。此外，与楼宇党建相关的党委政府职能部门之间也缺乏有效的协同，各自资源未能实现有效整合利用。如何协调职能部门关系，形成楼宇党建工作合力，提高楼宇党建成效，使楼宇内的诸多企业和员工（包括党员）因此而受益，仍然是一个有待解决的难题。