在原始时代，孵化者（Incubator）制造了最初的魔法·少女。魔法·少女有着远超凡人的身体能力与精神力，以武器进行战斗，只要吃下“Grief Seed”就能恢复力量，还能使用可怕的“魔法”,孵化者（Incubator）通过不断制造魔法·少女，创立了最初的帝国。
然而，最初的露西（Lucy）魔法·少女举起叛旗，向孵化者（Incubator）=san发动了“战争”。
露西（Lucy）魔法·少女与其它公主(princess)一同战斗……但
孵化者（Incubator）乃是无敌！无敌！无敌！
最终，公主(princess)们以露西（Lucy）魔法·少女为代价击杀了孵化者（Incubator）。孵化者（Incubator）的灵魂逃入了“宇宙飞船”。
世界由此进入了魔法·少女统治凡人的时代。
随着流入现世的因果越来越少，魔法·少女也逐渐变弱。于是，凡人们，向魔法·少女发动了“战争”。最终，凡人们的军队击败了魔法·少女们。魔法·少女集体“捏碎灵魂宝石自尽”，灵魂进入“宇宙飞船”。世界进入了凡人统治世界的时代。
时间来到现代，世间开始出现了魔法·少女灵魂附身凡人的现象。魔法·少女附身者们结成秘密结社，暗中支配了社会。
某一年的圣诞夜，NEON·见泷原普通公司职员 晓美·焰 与妻子鹿目·圆一起来到神滨·超级高大厦聚餐，却意外被卷入了魔法·少女的战斗之中！
妻子被杀，濒死之际的晓美·焰，被神秘的“胡桃夹子魔法·少女”附身了！
捡回一条命的他，从此成为“魔法·少女杀手”，杀死魔法·少女的魔法·少女！
魔法·少女，该杀！
魔法·少女，杀无赦！
魔法·少女，全部要杀尽！