总氮超标处理困难的因素：
1、进水碳氮比不足：在原水进入反硝化系统的过程中，碳氮比一般保持在4-6之间，若前端进水的COD不足，会导致生化系统碳比降低，生化能力不足。
2、生化系统水里停留时间不足：水体停留时间与生化池总氮降解率是成正比的。当总氮出水超标时，需要延长一定的水力停留时间。
3、进水负荷过大：进水时水体指标过高或者是进水中夹杂部分重金属有毒有害物质，会让生化系统负荷加重，严重会使污泥中毒，从而导致脱氮能力下降，指标升高。
4、缺氧区溶解氧：对反硝化来说，希望DO尽量低，最好是零，这样反硝化细菌可以“全力”进行反硝化，提高脱氮效率。
5、BOD5/TKN：因为反硝化细菌是在分解有机物的过程中进行反硝化脱氮的，所以进入缺氧区的污水中必须有充足的有机物，才能保证反硝化的顺利进行。
6、pH和温度：这两个因素也会影响反硝化的效果。