都可以。用「いなかった」时从属节述语取绝对时态，追求和主节述语「来た」的前后一致，时态是绝对值的「過去」；用「いない」时则取相对时态，由于「いない」的状态在主节述语「来る」的发生时刻为真，于是时态取相对值的「同時」。

因为这是一句话基本上没有这样重复使用た的。
就像你也不会说 刚刚老师不在 我刚刚才玩了一下手机。没有这样说话的。简单来说就是这样。如果要往复杂来说还可以说很多

当然有更复杂的情节的时候，可以选择一种相对于这里例句所描述的情形中更复杂的计算时间的方法，，这样可以更精细地 表示先后

比如说 いなかった間にあった事を言った

田中さんがいない間に、電話が来た。
上面这句是正确；自然的日语。
刚才来电话的时候，田中处于“いない”的状态。