首先需要了解到的是，柯南前去阻止潜艇的时间点是在被宾加识破身份之后，波本告知组织发射鱼雷之前。
也就是说，破坏潜艇的原因的起点不在于组织要攻击太平洋浮标，所以柯南要救人，然后阻止潜艇。
接下来柯南的操作也能进一步论证这个观点，在他下水之后，看到干扰弹没能发出，鱼雷已经直冲太平洋浮标的时候，他的反应是那里的人有没有来得及逃难，随后他还是潜伏在珊瑚礁中准备破坏潜艇。那么既然组织目的已经达成，设施都已经毁完了，组织也不会再展开进攻了，那你还需要阻止什么？排除掉一切错误选项，剩下的答案就是真相。柯南就是要宾加死，因为他知道自己和哀的信息，他如果一旦和琴成功合流，会非常麻烦（但根据水下和哀的双人恋爱场景中说之后会很麻烦代表他没把握宾加死没死，自己和哀的身份暴露没有）
综上，需要阻止潜艇的理由是阻止宾加或杀死宾加，那这个理由的起点又在哪呢？我们得从柯南预想中的和宾加的交易谈起。