新篇的故事舞台来到了近未来，故事的主角也变成了爱玛侬的曾孙女伊珥，由于现代科技的快速发展，信息迭代的速度已经远超爱玛侬祖传下来大脑载体所能承受的极限，于是伊珥借助了现代技术将自己放进睡眠仓，让大脑暂停接触外部讯息。同时将几十亿年来的超大容量记忆体给转存到一个名为“驯鹿”的现代机核记忆存储器。
而当伊珥在休眠仓的这段时间里，一场新型病毒“UIERS”席卷全球，改写了整个世界。为了适应末世的环境，伊珥部分身体被改造成义肢，从睡眠仓醒来的伊珥得一边学习如何在充满病毒的末世中生存，一边找寻记忆体“驯鹿”。
因为化解末日危机的关键或许就存在人类几十亿年的历史洪流之中。