在GMP厂房的设计中，建筑设计是一个重要的组成部分。GMP厂房建筑设计要综合考虑产品生产工艺要求及生产设备特点、净化空调系统和室内气流流型以及各类管线系统安排等因素，进行建筑物的平面和剖面设计。在满足工艺流程要求的基础上，恰当地处理洁净用房和非洁净用房以及不同洁净等级用房之间的相互关系，创造最优综合效果的建筑空间环境。GMP厂房建筑设计的主要特点如下。GMP厂房建筑设计具有很强的综合性。它与一般的工业厂房建筑设计不同的是要着重解决为实现产品生产所要求的洁净环境，统筹安排好各专业技术在平面和空间布局上出现的矛盾；以合适的造价，获得最好的空间与平面的综合效果，并较好地满足产品生产所需要的洁净生产环境。这里特别要综合处理好GMP厂房的建筑设计与工艺设计、空气净化设计之间相互协调问题，诸如顺应生产工艺流程、安排好人员与物流，洁净厂房的气流组织、建筑的气密性和建筑装饰的适用性等。

洁净厂房内通常除了设有洁净房间之外，还应配置产品生产所需的生产辅助房间，人员净化和物料净化用房间、公用动力设施用房等，因此洁净室建筑设计必须协调好、安排好洁净建筑内各类房间的平面、空间布置，尽量做到对最大限度的平面、空间的利用。GMP厂房通常为无窗厂房或设有少量的固定密闭窗；厂房内为防止污染或交叉污染，设有必要的人员、物净设施和房间，一般平面布置曲折，增加了疏散的距离，因此洁净厂房建筑设计必须严格遵守相关的标准、规范中有关防火、疏散等方面的规定。洁净厂房内的生产设备一般价格昂贵；厂房建筑造价也较高，并且建筑装饰复杂、要求严密性好，对选用的建筑材料和构造节点都有一定的要求或有严格要求。