如果EMS快递包裹在进口时被扣关，需要根据具体情况采取相应的处理措施。以下是一些可能的处理方式：
了解扣关原因：首先需要了解包裹被扣关的原因。可能是因为关税、增值税、检验检疫等问题，也可能是因为包裹内的物品不符合进口规定。了解具体原因后，可以更有针对性地解决问题。
联系客户和快递公司：及时联系客户和快递公司了解具体情况，并尽快沟通解决问题。如果客户愿意协助清关，可以提供清关文件和资料，以便尽快完成清关手续。
补充资料和文件：如果包裹被扣关的原因是缺少必要的资料或文件，需要及时补充。这可能需要一定的时间和费用，但这是解决问题的重要步骤。
缴纳税费：如果包裹需要缴纳关税或增值税等税费，需要及时缴纳。在缴纳税费后，包裹通常会被放行。
申请退回包裹：如果无法解决扣关问题，或者客户不再需要该包裹，可以考虑申请退回包裹。EMS快递通常提供免费退回服务，但需要在一定时间内提出申请。
寻求专业帮助：如果对扣关问题不熟悉或者无法解决，可以考虑寻求专业帮助。例如，可以联系报关行或者律师事务所，以便更好地了解相关法规和程序，并解决问题。
总之，EMS快递包裹进口被扣关需要具体问题具体分析，采取相应的处理方式。及时联系客户和快递公司，补充资料和文件，缴纳税费或者申请退回包裹等都是可能的处理方式。同时，需要谨慎处理，避免产生更严重的问题。