水环境治理应遵循自然规律，以修复水生态系统的氧传输链为切入点，建立或恢复水生态系统，同时优化水生生物种群结构，提高食物链的物质转化能力，以强化水体的生物自净能力。因此，结合社会对物质生产的需求，根据生态平衡原理，因地制宜地应用生物生态修复技术进行水环境治理就必然是主要手段和发展方向。
水体的生物生态修复技术，是利用培养、接种微生物或培育水生植物和水生动物，遵循生态系统的能量流动和物质循环动态平衡的原则，对水中污染物进行吸收、降解、转化及转移作用，从而使水体得到净化的技术。该技术是对自然界自我恢复能力、自净能力的一种强化，具有以下优点：（1）处理范围广、污染物去除率高、时间短、效果好；（2）生物生态水体修复的工程造价相对较低，不需耗能或低耗能，运行成本低廉；（3）属原位修复，可使污染物在原地被清除，操作简便；（4）不产生二次污染，对周围的环境影响小。
根据净化水体的主体及其作用，生物生态修复技术分为微生物净化、植物净化、动物净化、生物净化等，就治理水体污染技术发展趋势而言，趋向于多种技术集成。而具体由哪几种技术集成，则要根据治理水域的污染性质、程度、气候、生态环境条件和阶段性或最终的目标而定。