虽然饮水机的过滤器有一定的杀菌效果，但是长期使用后，过滤器会受到细菌的长期累积污染。所以带过滤器的饮水机要经常清洗，必要时更换过滤器芯。
一、先将滤芯的上下部分分开，然后用水清洗上部滤芯(陶瓷)。与此同时，用牙刷刷新滤芯的表面。
二、将上滤芯装满约一锅水，然后上下摇动滤芯数次，将剩余的水倒出。通过这种操作，滤芯上的微孔会变得光滑。
三、将滤芯内注入自来水，用掌拍拍滤芯嘴，摇一下滤芯，再用自来水清洗滤芯，反复几次；直到下部滤芯的流出的自来水清澈。