乙肝病毒主要在肝细胞中复制，但是它只是寄宿在肝细胞内，吸收营养，安静生存，并不会主动破坏所寄宿的肝细胞。当婴幼儿感染乙肝病毒后，由于婴幼儿的免疫力较差，其免疫系统尚不能识别乙肝病毒，错把它们当成了自己身体中的正常物质，不会启动“杀毒”模式，这个时期以往被称为“免疫耐受期”，即虽然病毒量很高，但对人体并无害处。
随着年龄增长，人的免疫系统能力逐渐增强，发育出一种专门清除乙肝病毒的淋巴细胞，它能准确识别乙肝病毒。当它看清肝细胞中的乙肝病毒后，认为是外来入侵者，开始发起攻击。但这种攻击是有代价的，在清除细胞里病毒的同时，也损伤了肝细胞。此时在肝细胞液中的转氨酶（主要是谷丙氨基酸转氨酶）就渗入到血液中，形成转氨酶升高的现象，这就称发生了肝炎。免疫反应越强，肝受损程度越重，转氨酶也会升得越高。大约有25%的“大三阳”携带者，会在生命中某一个时间发生肝炎。得了肝炎的患者如果不治疗，大约40%会进展到肝硬化。
正因为婴幼儿的免疫系统不完善，在感染乙肝病毒后，转为慢性感染的概率就很高。在围生期（怀孕28周到产后1一周）和婴幼儿期的感染者中，分别有90%和30%左右将发展为慢性感染。也正因为免疫系统不完善，此时乙肝病毒和人体和平共处，肝细胞并不会被损伤。而成年人免疫系统能力较强，90%以上的感染者能通过自身免疫系统快速清除乙肝病毒，只有不到10%会发展为慢性感染。
免疫系统在与乙肝病毒的斗争中，长期处于胶着状态：不断清除病毒，病毒又不断复制出来，这会导致两个现象：1）病毒开始慢慢变异，逃离免疫系统的捕杀，在指标上就体现为大三阳逐步转向小三阳；2）在肝细胞被不断损伤和新生的过程中，纤维结缔组织形成，就像皮肤反复挠破、又反复长出新皮肤来，时间长了是不是容易溃烂结疤？在肝上形成的疤就叫纤维化，纤维化程度越来越严重，就成了肝硬化。
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