克罗恩病的治疗：止泻药、氨基水杨酸盐、皮质类固醇、免疫调节药、生物制剂、抗生素、饮食方案、有时需要进行手术、克罗恩病的许多疗法都可帮助减轻炎症、缓解症状。
综合管理：服用洛哌丁胺或可停止腹部痉挛的药物（最好在饭前服用），可缓解痉挛和腹泻。甲基树脂（methylcellulose）或车前草（psyllium）制剂有助于使大便成形而预防肛门受刺激。患者在疾病发作期间或发生肠梗阻时应避免摄入纤维食物。常规保健措施非常重要，特别是疫苗接种和癌症筛查。
止泻药：这些药物可缓解痉挛和腹泻，包括地芬诺酯、洛哌丁胺、脱臭鸦片酊和可待因。这些药物都可口服，进食前服用效果更好。
氨基水杨酸盐：氨基水杨酸盐是用于治疗炎症性肠病所致炎症的药物。柳氮磺胺吡啶及相关药物（如美沙拉嗪、奥沙拉嗪和巴柳氮）都属于氨基水杨酸类药物。这类药物可控制症状、减轻炎症，尤其对大肠炎症有效。这些药物通常口服给药。美沙拉嗪也可作为栓剂或灌肠剂。氨基水杨酸类药物在缓解严重发作方面的效果不佳。
皮质类固醇：在住院患者中，静脉给予甲泼尼龙等皮质类固醇可明显减轻发热和腹泻，缓解腹痛和压痛，增进食欲并改善身体健康状况。但是，长期使用皮质类固醇可引起副作用 (皮质类固醇：用途和副作用)。通常，在疾病突然发作时应用大剂量缓解严重炎症和疾病突发引起的症状。然后减少剂量，尽早停用。新型皮质类固醇布地奈德比泼尼松不良作用小，但效果稍差，常在停药后6个月出现病情复发。布地奈德可以口服或灌肠。与口服皮质类固醇相同，灌肠剂或泡沫形式的皮质类固醇（如氢化可的松）应减量并逐渐停用。如病情严重，患者应住院并静脉使用皮质类固醇。医生会对所有使用皮质类固醇的患者给予维生素 D 和钙补充剂。
免疫调节药：硫唑嘌呤和巯嘌呤是能减弱免疫系统作用的药物。这两种药物对使用其他药物无效的克罗恩病患者有效果，尤其有助于长期维持疾病缓解（无症状期）。这些药物能显著改善患者全身情况，减少皮质类固醇需要量，常能治愈瘘管。但这些药物可能在用药 1 至 3 个月内不会起效，并可能引起严重副作用。
硫唑嘌呤和巯嘌呤的最常见副作用是恶心、呕吐和身体不适（全身感觉不舒服）。医生应密切监测患者有无其他副作用，例如过敏反应、骨髓抑制（通过定期测定白细胞计数进行监测）、 胰腺炎，有时也会出现肝脏问题。服用这些药物的患者发生 淋巴瘤（一种白细胞癌症）和某些类型皮肤癌（通过常规皮肤检查进行监测）的危险增加。检测代谢硫唑嘌呤和巯嘌呤的一种酶发生的变异以及直接检测代谢物水平的血液检查通常可帮助医生确保药物剂量安全、有效。
每周注射或口服一次甲氨蝶呤对于皮质类固醇、硫唑嘌呤或巯嘌呤无效，或不能耐受的患者通常有帮助。副作用包括恶心、呕吐、脱发、肝脏问题、肾衰竭以及罕见的肺部问题。白细胞计数也可能降低，导致服用甲氨蝶呤的患者容易感染。甲氨蝶呤具有致畸性（对胎儿有危害），因此不得在怀孕期间使用。女性和男性在服用甲氨蝶呤时都应确保女性伴侣采用有效的 避孕方法（节育），例如 宫内节育器(IUD)、 避孕埋植剂或 口服避孕药。不鼓励采用效果不佳的避孕方法，如避孕套、杀精剂、子宫帽、宫颈帽和周期性禁欲。医生会让患者服用叶酸，以减少甲氨蝶呤的副作用。
大剂量注射环孢素。这种药物可促进克罗恩病所致瘘管的愈合，但由于存在引起肾脏问题、感染、痫性发作等副作用，因此长期用药不安全。口服他克莫司。这种药物可促进克罗恩病所致瘘管的愈合。副作用与环孢素类似。
生物制剂：英夫利昔单抗是来源于肿瘤坏死因子的 单克隆抗体（称为肿瘤坏死因子抑制剂或 TNF 抑制剂），是另一种调节免疫系统作用的药物。英夫利昔单抗可通过一系列静脉输注给药。英夫利昔单抗可用于其他药物无效的中重度克罗恩病，及治疗合并出现瘘管的患者。使用英夫利昔单抗可能出现的副作用包括现有未受控的细菌感染恶化、结核病或乙型肝炎再激活以及某些类型癌症的发病危险增加。一些患者会在输液期间出现发热、寒战、恶心、头痛、瘙痒或皮疹等反应（称为输注反应）。在开始使用英夫利昔单抗（或阿达木单抗、赛妥珠单抗等其他 TNF 抑制剂）进行治疗之前，必须对患者进行结核病和乙型肝炎感染检测。
阿达木单抗（adalimumab）是与英夫利息单抗相关的药物，同样集中于调节免疫系统。阿达木单抗通过一系列皮下注射给药，因此不会引起静脉给药药物（如英夫利昔单抗）可能导致的输注反应。对于不能耐受英夫利息单抗或对英夫利息单抗不再有反应的患者，阿达木单抗尤其有效。患者的注射部位可能疼痛和瘙痒。
赛妥珠单抗通过每月皮下注射给药。此药的工作原理和副作用与英夫利息单抗和阿达木单抗相似。维多珠单抗和那他珠单抗用于患有中度至重度克罗恩病并且 TNF 抑制剂或其他免疫调节药无效或对其不耐受的患者。这两种药物引起的最严重副作用是感染。那他珠单抗目前仅通过有限供药计划提供，因为该药物可增加一种致死性脑部感染—— 进行性多灶性白质脑病(PML) 的发病危险。维多珠单抗与那他珠单抗属于同类药物，因此理论上也存在引起 PML 的危险。乌司奴单抗是另一种生物制剂。第一剂通过静脉给药，然后每 8 周皮下注射一次。副作用包括注射部位反应（疼痛、发红、肿胀）、感冒样症状、寒战和头痛。
广谱抗生素和益生菌：广谱抗生素往往对多种细菌感染都是有效的。甲硝唑是最常用来治疗肛门周围脓肿和瘘管的药物，对克罗恩病的非感染性症状（如腹泻和腹痛）也有效。甲硝唑对克罗恩病的非感染性症状（如腹泻和腹痛）也有效。但长期使用甲硝唑可能造成神经损害，引起双上下肢针刺样感。通常停药后，这种不良作用会消失，但又常使克罗恩病复发。
患者在服用甲硝唑时应避免摄入酒精饮料或含丙二醇食品，并应在甲硝唑治疗完成后至少 3 天内继续避免使用这些物质。其他抗生素如环丙沙星和左氧氟沙星，可代替甲硝唑或与甲硝唑联合使用。利福昔明，一种非吸收性抗生素，有时也被用来治疗活跃期的克罗恩病。一些细菌正常存在于身体中且促进有益菌生长。每日摄入益生菌（如通常存在于酸奶中的乳杆菌）可有效预防贮袋炎（手术切除大肠和直肠期间制作的贮袋发炎）。
饮食方案：虽然一些患者声称某些饮食可以帮助改善炎症性肠病，但这些饮食的有效性尚未在临床试验中得到证实。营养疗法有助于儿童患者更好地生长发育，特别是在夜间用鼻饲管喂养时。偶尔，需用全胃肠外营养，即从静脉输入高浓度营养物质，纠正克罗恩病造成的吸收不良。
手术：大部分克罗恩病患者需要在生病的某个时刻接受手术。发生肠梗阻或脓肿、瘘管不愈的患者可能需手术治疗。手术切除病变肠段可缓解症状，但不能治愈本病。炎症大多在肠段连接处复发，虽然术后使用多种药物可减少这种几率。约一半患者需第二次手术。因此，只有患者发生某些特殊并发症或药物治疗失败时，才有必要实施手术。但大多数经手术治疗的患者还是认为生存质量优于术前。吸烟会增加疾病复发的风险、尤其是女性，因此医生会鼓励患者 戒烟。
综合管理重症患者可能需要住院，通过静脉输液恢复和维持体液（补水）。有些直肠严重出血的患者可能需要输血。更长期贫血的患者可能需要口服或静脉注射铁补充剂。
症状的严重程度：对于出现轻度至中度症状的患者，美沙拉嗪通常是首选药物。一些医生给予抗生素替代美沙拉嗪，或为服用美沙拉嗪无效的患者提供抗生素。对于出现中度至重度症状的患者，需短时间口服或静脉注射皮质类固醇（如泼尼松或布地奈德）。对于皮质类固醇无效的患者，可给予其他药物，例如硫唑嘌呤、巯嘌呤、甲氨蝶呤、英夫利昔单抗、阿达木单抗、赛妥珠单抗、维多珠单抗或乌司奴单抗。这些药物可联合使用。它们对大多数患者有效。如果患者出现阻塞，医生会进行鼻胃管吸引和静脉输液。进行鼻胃管吸出时，经鼻插管至胃或小肠，抽吸以减轻腹胀（胀气）。如果患者突然出现症状或形成脓肿，需在医院输注液体和抗生素。医生通过手术进行脓肿引流，或用穿刺针经皮穿刺，排出脓液。
瘘：肛门周围有瘘管（肛周 瘘）的患者需使用甲硝唑和环丙沙星。如果这些药物在 3 至 4 周内未起效，医生可给予硫唑嘌呤、巯嘌呤或 生物制剂。环孢素是替代药物，但治疗后瘘管通常会复发。他克莫司可促进克罗恩病所致瘘管的愈合。患者可能需要接受根治手术，以防止瘘管复发。
维持方案：为了预防症状复发（即维持疾病缓解），仅服用氨基水杨酸或抗生素即达到缓解的患者可继续服用这类药物。接受硫唑嘌呤、巯嘌呤、甲氨蝶呤、英夫利昔单抗、阿达木单抗、赛妥珠单抗、维多珠单抗和/或乌司奴单抗等联合药物治疗的患者需要继续服用这些药物以维持缓解。接受皮质类固醇治疗的患者应逐渐减少剂量。为了维持疾病缓解，患者可能需要接受此处提及的药物联合治疗。缓解治疗期间，医生监控患者症状，并进行血液化验。不需常规进行 X 光检查或结肠镜检查（患克罗恩病已有七八年或更长时间的患者除外）。
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