截至2022年12月，南通市境内已建成的铁路有：
普速铁路：新长铁路 单线非电气化120km/h （新长铁路扩能改造海安至盐城段规划复线200km/h）
海洋铁路 单线非电气化160km/h（复现扩能改造 复线电气化200km/h）
快速铁路：沪苏通铁路 复线电气化 200km/h
宁启铁路 （宁启一期南通站至林场 复线电气化200km/h）（宁启二期 启东-南通段160km/h单线电气化升级复线电气化200km/h对接沪崇启城际）
高速铁路：盐通高速铁路 复线电气化 350km/h
在建的铁路有：
城际铁路：如通苏湖城际铁路 复线电气化200km/h （远期规划对接海洋复线海安方向和新长复线盐城方向实现北延至盐城）
高速铁路：通苏嘉甬铁路 复线电气化350km/h
沪渝蓉高速铁路 复线电气化350km/h
普速铁路：洋吕铁路 单线非电气化 120km/h）（预留复线电气化160km/h 承担南通市域铁路功能）
疏港铁路：南通港疏港铁路（铁路专用线）
规划中的铁路有：
市域铁路：南通机场快线 复线电气化 160km/h
江海快线 复线电气化 160km/h
城际铁路：沪通城际 复线电气化200km/h
沪崇启城际 复线电气化 200km/h
盐通城际 复线电气化200km/h
通靖城际 复线电气化 200km/h
快速铁路：宁启铁路二期复线改造项目
普速铁路：新长铁路扩能项目、海洋铁路扩能项目
高速铁路：通苏嘉甬高速铁路如东延伸段。
南通市区域铁路经过客运站点
高速铁路： 盐通高速铁路 海安站（高速场）如皋南站 南通西站
沪渝蓉高速铁路 吴窑站 南通站 海门北站 启东西站
通苏嘉甬高速铁路 南通西站
普速铁路 海洋铁路 海安站 栟茶站 如东站
新长铁路 海安站
快速铁路 宁启铁路 海安站 如皋站 南通站 海门站 启东站
沪苏通铁路 南通西站
城际铁路 如通苏湖城际铁路 如东站 十总站 海门北站（南通新机场站）海门西站 海门港站 （远期规划对接海洋复线海安方向和新长复线盐城方向实现北延至盐城）
沪通城际 南通站 海门站 启东西站
沪崇启城际 启东站 （宁启铁路启东站东延过江）
盐通城际 海安站 南通站 （海安站顺接新长复线）
通靖城际 南通站 南通西站 （南通西站沟通沪苏通铁路 南通站沟通宁启铁路 沪通城际 沪崇启城际等）
市域铁路 南通机场快线 南通东站 海门北站 通州湾站
江海快线 南通西站 海门站 新机场站