在那个被雪覆盖的圣诞夜，藤木户·建二，一个平凡无奇的上班族，意外地被卷入了总会屋·联合企业与罪罚·影业的纷争之中。他的妻子和儿子在这场混战中惨遭不幸，而他自己也身受重伤。在死亡线上挣扎的他，被一股神秘的力量所救——奈落·忍者的附身。这股力量不仅让他从死神的手中夺回生命，更赋予了他复仇的使命。
藤木户从此化身为忍者杀手，他的目标只有一个：为家人的死报仇。在一连串的生死较量后，他终于面对了仇敌——总会屋的首领，老元·宽。在一场惊心动魄的对决中，忍者杀手用尽了所有的力量，终于将仇敌斩下。
然而，胜利的代价是巨大的。奈落·忍者的力量在这场战斗中消耗殆尽，失去了ninja·soul的加持，忍者杀手的生命之火也即将熄灭。即使南希=san紧急注射了ZBR·一刀刺，也似乎无法挽回他的命运。
忍者杀手的生命似乎走到了尽头。但在新琦玉的死神徘徊在三途川边时，他听到了来自另一个世界的呼唤。在那片大陆的极北之处，或许有着未曾知晓的秘密……