飞鹤先后与国内外权威高校机构合作，搭建了哈佛BCH-飞鹤脑发育基金会、北大医学-中国飞鹤营养与生命健康发展研究中心、飞鹤-江南大学母婴益生菌联合创新科研中心等领先的科研平台，积极参与国家及省级重要科研项目，共同打造联合创新平台，在科研成果数量和研究前沿性上居世界前列。