（1）二者的优惠对象不同。非营利组织免税资格的优惠对象是社会组织，免税资格是国家为了促进公益慈善事业的发展而赋予社会组织的一项税收优惠资格；公益性捐赠税前扣除资格的优惠对象是捐赠者，在捐赠者进行公益捐赠时，可以享受税前扣除的优惠政策。
（2）二者的作用不同。非营利组织免税资格的作用是让社会组织所得的每一分捐赠款都发挥最大的社会价值；而公益性捐赠税前扣除资格是为了让捐赠者享有税收优惠，鼓励企业承担社会责任。
（3）二者的获取方式不同。非营利组织免税资格需要主动申请，申请后由财政、税务联合认定，有效期为 5 年；而公益性捐赠税前扣除资格则是由财政、税务、民政三部门结合社会组织的登记注册、公益活动情况等联合确认的，年底公布，3 年有效。