1、官方版本
包括《埃拉西亚的光复》（1999年2月）、《末日之刃》（1999年9月）和《死亡阴影》（2000年3月）
《埃拉西亚的光复》，最初版本，只有8个种族和少量中立怪，没有元素城、没有组合宝、没有随机图；
《末日之刃》，第一个资料片，增加了元素城和不少中立生物；
《死亡阴影》，第二个资料片，增加了组合宝设定，《死亡阴影》资料片中取消了元素势力，但元素兵种保留；
现在基本上已经看不见单独的初版或者单独的资料片，现在流行的官方版本是以《死亡阴影》为核心的三合一版本，同时包括三个版本的战役，九个种族可选，有随机图和组合宝，并且细分有3.1、3.2和4.0的型号
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3.1是比较古旧的版本型号，特点是可以双C、元素神迹无需智慧术可以学全魔法（包括泰坦之箭），但存在的bug比较多，不稳定，且和高位系统兼容性比较差，在现在不少系统上经常不能正常启动。
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从3.2开始优化了主程序（EXE）的代码，修复了不少bug，如取消双C，魔幻彩虹需要智慧术且不能学泰坦之箭，也更改了画面色彩方案，和高位系统兼容性更好
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4.0白金版，和3.2的程序大部分保持一致，在一些细节上进行了少量优化，同时追加了历代记战役进去。
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此外，2015年育碧发布了高清重置版，也是官方发布版本，画面更好了，和高位系统兼容性更好，但只有最初版英雄无敌3的内容（埃拉西亚的光复），缺乏组合宝、元素城、大量中立怪，且没有随机图，游戏性大幅度下降。
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说到这里，不得不说一个民间组件：HD组件
HD组件应用在3.2和4.0版本上，HD组件自己有版本号（3.45，3.8，以及最新的5.4，5.5等等），大部分英雄无敌3游戏中存在的启动器，就是HD组件的一部分，HD组件是民间开发的插件（非官方）。
现在在国内最为流行的英雄无敌3，是加持了HD组件的3.2或者4.0版本，并非单纯的官方版本。
HD组件主要是增加了不少便利性的优化功能，例如战斗重打，一键分兵，一键换兵换宝、卷轴可视、画面分辨率可调、预约英雄等功能，以后后续的魔法塔重建功能、联机同步操作功能等，并进一步修复了一些bug。
但HD组件也带来一些变化，主要体现为战斗地图生成算法变了，同一张地图同一个地点，用3.1和HD版进入战斗会有不同的地形；还有强化了伪随机算法；还有最新的几个版本把蛇妖宝屋送的硫磺改为了宝石等改动。