光环阵列
MB大军来袭迫使先行者紧急启动了光环阵列。在此之前，他们将银河系各物种借助“钥匙”（Key Ship）送向了盾世界。智库长不断催促在地球上负责保存物种的先行者“宣教士”（Libralian，智库长之妻）赶快回到方舟，并派出奋战级AI——偏见进逼（Objective Bias，简称OB）率领一万余艘战舰与MB决战。
宣教士最终没来得及回到方舟。她已经深知一切战争的本源，只希望能够尽量将物种保存下来。她用传送门将人类送往方舟，自己则留了下来，智库长试图派舰队解救但无法冲过洪魔大军。光环阵列启动，冲击波横扫银河系，宣教士最后在地球上目睹了那美丽的光芒。
光环杀死了一切没来得及躲入盾世界的智慧生物和洪魔。但OB与MB的战斗仍未结束。他们用计算机控制战舰互相战斗。由于洪魔大军被光环阵列发出的脉冲消灭，MB手上已经没有足够的战力，于是被OB击败。OB摧毁了MB的一切已知载体和设备，但MB借助一艘“钥匙”无畏号保留了本体的部分功能。无畏号随即坠落于一座星球，但其设施仍然可以运行。
完成了这一切后，盾世界内的生物遂释放回原先所在的世界，然而先行者自知他们对先驱犯下的过错，于是离开了银河系，希望能平息先驱的愤怒，保护银河系中的智慧生物。同时，先行者们指定了人类的“回收者”身份，希望在未来人类能够代替他们完成救赎，保护银河系不再受到洪魔的威胁。

星盟和人类的发展星盟的建立
先知与精英这两个种族都发现了先行者留下来的遗迹。当时他们将先行者作为神灵膜拜，决不允许任何成员做出亵渎先行者及其物品的行为。而他们却又为了先行者的遗迹互相大打出手。
精英的体魄非常强壮，因此战场上先知往往处于下风。然而后来，一群先知冒死进入了坠毁于他们星球的先行者“钥匙”无畏号并启动了它，离开了他们的母星。无畏号的巨大功率甚至将星球上的部分地表拔起一并带走。
有了了无畏号的帮助，这群先知对精英的战斗终于取得了优势。而后，精英一族终于也有些改变，允许对先行者遗迹进行部分在可以容忍的程度之下的发掘工作，并也取得了一大批先进科技。
然而先知们厌倦了无休无止的战争，同时也出于对先行者的尊重，他们向精英提议谈和，组成一个由先知负责发掘遗迹而精英负责保卫的联盟，星盟（The Covenant，也称为圣约人）就这样建立了。而无畏号带出来的大片土地则依势建成了星盟移动总部博爱之城（High Charles）。
星盟的信条是将先行者奉为神灵进行膜拜，将先行者留下来的AI奉为神使（不过在很长一段时间内他们所知的AI只有MB而已）。星盟的政治采用议会制度，最高议会的负责人是三名先知领袖，议员则由先知和精英分别以一定比例进行组合。
星盟拥有探索先行者遗迹必要的探测器。这种探测器可以显示出一定范围内先行者遗迹位于何方。而这个探测器也是发掘先行者遗迹得到并复制出来的，因此探测器本身也具有神圣的地位。
借由对先行者的无尽崇拜和对“朝圣之旅”（启动光环阵列得到“救赎”）的渴望，星盟开始吸收新的种族加入，野猪兽、豺狼、猎手、兵锋、工程师、鬼面兽纷纷加入。值得一提的是其中的工程师其实是先行者制造的专职物种，精通机械的制造、维护与分析。而鬼面兽在26世纪初才加入星盟。

殖民时代
在2291年，一支科学队伍开始秘密研发“肖·藤川”超光速引擎（Shaw-Fujikawa Translight Engine，简称SFTE）。SFTE可以带领舰船进入“断层跃迁空间”以缩短移动时间。2310年，地球联合政府（United Earth Government，简称UEG）公布了第一艘跨星系殖民飞船。直到2362年元旦，殖民舰队旗舰“远征号”发射，带领着层层筛选后的最优秀的公民和士兵出发，开启了人类殖民地外星系的新篇章。
直到2490年，人类已经殖民了800多个星系，成功缓解了人口负担。而人类的扩张仍在继续。在这一时期，致远星(planet Reach，围绕波江座第五恒星(Epsilon Eridani)运转，正当地球的咽喉要道)成为了UNSC的主要舰船制造厂和训练营地。致远星是战舰和殖民船的主要制造地，也是训练秘密特工和特种部队的所在地。UNSC的重大变革及殖民地大反乱
2491年，UNSC对人体改造项目进行了一项被称为“猎户座计划”（Orion Project）的实验。此次试验透露不多，唯一可知道的是后来的艾弗里·约翰逊参与了这项计划。该计划于2506年因费用过高而效果过低而终止，但作为后来“斯巴达计划”的前身仍然具有一定的意义，且目前普遍认为该计划就是“斯巴达一期”。
进入26世纪之初，UNSC便面临着各殖民地的政治运动和武装暴动。2492年至2496年，波江星座 (Eridanus) 的远地殖民星球首次发生叛乱，UNSC花费了四艘驱逐舰的代价将其镇压。2513年，在波江座的投石器（Trebuchet）行动中，Robert Watts上校被驱赶到小行星带。此后UNSC对该地区进行过多次搜索，但因面积过于广泛且搜索舰屡遭强力袭击而放弃。
到了2517年，殖民地叛乱活动愈演愈烈，UNSC决定重启斯巴达计划。这回由哈尔西博士负责该计划。2517年9月23日，入选该计划的75名儿童从150名候选者中脱颖而出（之所以只有一半的名额主要是经费所限），被从家里偷偷用克隆体掉包送至致远星参与秘密的斯巴达二期计划。
大约同一时期，以在登陆作战中抢先突击并巩固登陆阵地的特殊部队——行星轨道空降突击队（Orbital Drop Shock Troopers，简称ODST）建立，编号是105师，其士兵被称为“地狱伞兵”（Helljumper）。ODST的任务大多都是超高风险并不见得能够生还，因此部队采取自愿加入方式招募士兵，也因此里面几乎都是战斗素质极高而心理上非常疯狂的“疯子”。
斯巴达二期计划具有极高的风险。由于技术远未成熟，所有掉包的克隆体都迅速死亡，而入选的75个孩子在训练一段时间后进行的生化改造中直接造成了12人死亡，30人残废的损失。剩余的33名斯巴达战士加紧训练以确保适应新的身体，而队长——约翰117号（斯巴达战士进入军队后都被抹除了姓氏）在训练中不慎造成了105师3人阵亡、1人重伤的事故。事件虽然迅速被平息，然而却导致地狱伞兵们对斯巴达战士抱有极大的仇恨。
拉尔夫-303在改造手术失败之后，被军情局允许重返社会，融入正常人类的生活。而索尔-86作为一个特例（并非强行绑架而是由博士亲自询问是否参加斯巴达计划，且改造时也向其征求意见）失败后由于未得到妥善安置，被叛变人员煽动并企图驾驶飞行器逃离。飞行器被击落后索尔被认定失踪。
而在这个阶段，斯巴达二期计划因为各种存在的问题，在唯一知晓该计划的军情局中也并未得到重视。
在战争中，UNSC内迅速出现了一个传奇人物：普林斯顿·杰里米亚·科尔。因为他违反传统的作战方式和传奇般的作战效率在军种引发了争执。而后因涉嫌向叛军透露机密而被送上军事法庭。虽然由于没有任何明确证据证明他泄露了军事机密而未以叛国罪判处，但也将其调离了一线作战队伍。

人类与星盟战争初次接触与丰饶星战役
2524年，星盟内一艘豺狼飞船发现了侵入的“不洁生物”——人类。事情被迅速上报到抑制先知和宽容先知，他们立即组织队伍对所有舰船进行排查并派五百人学习人类语言以便对人类发起攻击。
2525年，悲怆先知（原宁静副首相）、真相先知（原坚韧首相）、怜悯先知（原文献学者）上任。在此之前，一艘豺狼人战舰在跃迁中不慎与人类水果货运船发生冲突并导致后者被拉回常规空间。豺狼人随即攻击了货运船并得到了人类殖民地——丰饶星的坐标。随后他们擅自单舰袭击丰饶星外围人类路过的船只，但被约翰逊等人击退回战舰并将战舰引爆。事情被传到宁静副首相和坚韧首相处，宁静副首相为了调派舰队出击不得不按照章程去向“神使”MB“请示”。但谁都没想到MB忽然启动告诉他们人类是先行者指定的“回收者”并试图将无畏号开去丰饶星。两先知立即制止了行动。为不让星盟大众得知“回收者”的事实，他们拉拢在场的文献学者抢夺了三个领袖的职位。而后鬼面兽麦卡布斯的战舰来到丰饶星，惊异地发现这里全是“先行者遗迹”——探测器将人类的物品也都标记成先行者的，但无人发觉这一点——因为语言不通，麦卡布斯等与约翰逊等丰饶星的民兵部队难以交涉，最终展开战斗。因为火力上的极大劣势，人类平民在人工智能洛基费尽千辛万苦终于逃脱。在此过程中，麦卡布斯的侄子塔塔罗斯按照鬼面兽传统向麦卡布斯发起挑战并干掉了他，夺取了其领袖职位、祖传重力锤和战舰指挥权。
2月3日，与丰饶星失去联系后，UNSC派出了“金羊毛号”（Argo）侦查舰前去调查，但迅速被鬼面兽战舰击毁。而后UNSC预感到事态严重，于10月7日派遣了大力神号驱逐舰、阿拉伯号护卫舰、东方号护卫舰组成D-战斗群前往调查，发现星盟已经把丰饶星玻璃化（星盟主力武器是等离子，战舰在轨道上对行星表面持续不断地开炮会将土地烧成玻璃块。）他们无法与敌舰抗衡，最后仅剩大力神号于数周后带着满身伤痕回到致远星。他们还收到了星盟以英语发出的广播：“你们的毁灭是神的旨意，我们只是执行者。”于是在11月1日，被重新任命的海军中将普雷斯顿·科尔率领至今为止人类最大规模的舰队前往丰饶星作战。
科尔的舰队来到丰饶星，发现敌舰只有一艘，然而其坚固的能量护盾防御力却让科尔大为头痛。损失了四艘战舰后，他决定孤注一掷，让所有战舰将导弹、MAC火炮和核弹同时对敌方造成伤害，终于干掉了敌舰。 然而这不过是个开始。随后星盟舰队也赶到，双方拼命争夺。远地殖民地的沦陷与科尔协议
在这一年的9月12日，斯巴达战士们进行首次任务——把躲在波江星座小行星带的Robert Watts上校绑回UNSC控制区。约翰在任务中受到枪伤，因此得到了紫心勋章（奖励给英勇负伤人员）。科尔舰队启程后，斯巴达战士们被迅速调回致远星为丰饶星遇难者哀悼并决定把他们送去鲸鱼座X星系装备“雷神锤”。不巧的是，在11月27日，运载他们的联邦号护卫舰在X星系中遇上了星盟战舰不屈号，战斗中联邦号身受重伤，他们被迫提前登陆拿取雷神锤盔甲后回到太空参与战斗。约翰决定让斯巴达战士突入敌舰从内部炸毁它。最后他和凯丽与萨姆成功进入敌舰并安置炸弹，但交战中萨姆因中弹盔甲穿洞，无法在太空中生存而被迫留下为两人撤离争取时间，最后随同敌舰一道毁灭。
2531年，战斗接近尾声，UNSC航母火灵号（Spirit of Fire）前往丰饶星调查，而后他们发现了一处遗迹，遗迹中的标志指向另一个殖民地——阿卡迪亚星。火灵号随即进行跳跃，不幸的是它还是来晚了，星盟对轨道上的三艘战舰进行重创后攻击了阿卡迪亚星的地面。于是火灵号协助配合居民进行撤离，此后阿卡迪亚星基本废弃。斯巴达红队、灰队和欧米茄队在行星上展开支援，后欧米茄队登上火灵号一同行动。因安德斯博士被星盟抓获，火灵号紧急跳跃跟随星盟战舰来到了一处先行者制造的戴森球世界，发现星盟正在试图启动那些威力无比的先行者战舰。而这里也有洪魔的存在。火灵号舰长卡特接受了博士的建议，用跃迁引擎破坏了行星，然而没有跃迁引擎，他们无法迅速回到人类殖民地带，只能持续漂流。UNSC方面则在2534年2月10日因某种原因宣布他们“阵亡”并举办了追悼会。
同年，科尔将军取得了丰饶星战役的胜利，然而他的舰队数目原本是敌方的六倍，战后仅剩三分之一。回到地球后，科尔晋升为海军上将。此时他获悉许多远地殖民地已经沦陷，无人生还。科尔再次率领他的舰队出击。无论是地面战还是舰船战，战况都都相当惨烈，战火已经蔓延到全部远地殖民地。在一次地面战中，人类部队俘虏了一个外星人，在它伤重死亡之前，人类终于从它口中得知了“星盟”这个称呼，知道了敌人是什么。
然而，到了2535年，尽管科尔上将有出色的领导能力和战略才华，他的舰队一再受到重创。这是一场实力悬殊的较量，凭借科技上的优势，星盟在舰船战中的胜率为三比一。
于是在2535年，UNSC发布了科尔协议，规定任何舰船在遇到星盟时不得保留任何导航信息，如果必要必须销毁。若存在被俘的危险，战舰必须自毁。

致远星保卫战
2552年8月30日，伽玛太空站侦测到一支由750艘战舰组成的星盟攻击舰队突袭致远星。包括秋之柱号在内的所有临近星系战舰立刻回防。致远星上空的轨道防卫炮台是对抗星盟战舰最有效的武器，但其需要地面发电机供电，因此在战斗中大部分斯巴达战士被派到地面保卫为轨道炮台供电的发电机，而约翰、琳达与詹姆斯则进行摧毁导航数据库的任务。任务中詹姆斯推进器失事把他推入太空，琳达战斗中重伤，后被约翰紧急冷冻。
UNSC舰队数百艘舰船在星盟舰队的强力攻击之下全部被击毁，致远星最终沦陷。秋之柱号被迫进行跳跃。在跳跃之前，将士官长冷冻之后，凯斯奉ONI命令冒险再次将秋风之墩号降落至地面上一处拆舰场中等待Noble小队送来和先行者有关的部分资料。Noble小队为了掩护秋风之墩号离开相继阵亡，秋风之墩号紧急发射，科塔娜分析了剑鱼星上截获的数据，发现了它其实就是先行者绘制的导航图，于是秋之柱号向导航图指向的地点进行跳跃。
在地面上的斯巴达二期战士勉强保护了一个发电机，并炸毁了一艘星盟飞船，但星盟仍然开始了致远星的玻璃化。于是小部分幸存的斯巴达战士前往军情局基地，见到了哈尔西博士。他们在地下躲避星盟的追击，发现了一枚疑为先行者、古代人类或先驱所遗留的导致重力异常的芯片。

初次反击
在无上正义号进行活动时，科塔娜了解到不少于百来艘星盟战舰在“不屈之祭司”集结准备攻击地球。他们离开波江星座后，斯巴达战士们决定突袭这个基地并摧毁它以延缓星盟的进攻。维特康最终只能批准。
2552年9月19日，斯巴达战士进入基地袭击时，首次遇上刚开始大规模进入战线的鬼面兽。格蕾丝在战斗中死亡，斯巴达战士们让不屈之祭司的反应堆过载并离开了那里。
维特康将军意识到如此大规模的舰队即使自己赶回地球警告也没有任何作用，于是让无上正义号回来进行突袭，让其他人搭乘葛底斯堡号回地球。维特康将军吸引了大部分星盟战舰到达爆炸中心，一次毁掉了大部分战舰。
这次爆炸没有让星盟查出原因，只知道和无上正义号有关。而提尔因为丢失旗舰受到议会审判，剥夺指挥权并当众行刑。后来他被真相先知选中成为新一代的神风烈士（但这个荣誉身份并没有让他在精英一族里得到任何尊重，大家都只是把他当成一个耻辱）并马上进行首次任务——攻击位于04光环残骸区附近的一处先行者气矿。这个气矿原本由星盟一支分队进行研究，然而在04光环爆炸时，逃逸的343罪恶火花到了这里，他告诉了这些人光环计划的本质，于是他们举起反抗的旗帜并向星盟大众广播“朝圣之旅”的真相。而这当然让三位先知极端头痛，于是派神风烈士、指挥官瓦图米和鬼面兽塔塔罗斯率特战队进行镇压，并将343罪恶火花捕捉。地球战役
2552年10月20日，在士官长他们回到地球后不久，悲怆先知所带的一支舰队（猜测前面那个不屈之祭司也是一样）来到地球，他其实不知道这个地方就是人类的地球，只是在先行者的标记中看到了这个位置，于是带的舰队不多，在地球轨道上受到重创，但旗舰还是在新蒙巴萨降落，UNSC立即策划突袭敌舰的行动。
在星盟入侵的时候，军情局特工黛尔（Dare）希望找人去敌占区内的ONI总部进行一项任务。而新蒙巴萨的部队无法抽出足够的兵力，上层也觉得这种任务只有斯巴达战士才能完成。而黛尔认为她只需要一支ODST小队即可，于是找到了她的老情人——参与过丰饶星战役并从致远星生还的地狱伞兵巴克（Buck）。不过巴克手下的兵看上去一点都没有海军陆战队应有的素质，唯一的优点是他们非常尊敬巴克并愿意听从他的命令——只有他的命令。
上面ODST小分队准备开始空投，而在下面由米兰达·凯斯带领的琥珀衣者号（In Amber Clad，台译琥珀号）陆战部队进攻市中心的部队也和星盟巨型地面武器圣甲虫号死磕，最后由士官长突入其内部将其摧毁。然而此时敌舰忽然开始进行大气层内跃迁，琥珀衣者号冒险跟随。跃迁产生的冲击波席卷新蒙巴萨，ODST小队受到冲击波影响，七零八落地散落在城市各地。
同一时期，2552年11月3日，奥星上的先行者防卫装置因为光环装置的激活而进入活动状态。哈尔西博士因为在致远星上了解了斯巴达三期的信息，带着斯巴达战士凯丽来到奥星，而后用跃迁通信装置向地球发出呼叫信号，并要求派遣斯巴达战士支援。于是胡德将除了跟随琥珀衣者号行动的士官长之外的斯巴达战士尽数派出，并派遣黄昏号等巡游舰及斯大林格勒号超级航母等战斗群前往奥星。战斗群在奥星上与一批星盟精英舰队展开绞杀战，最后以核雷战术大破精英舰队，实现了人类首次在战争中以少胜多的战斗典范。可惜精英增援舰队的随后出现让这一成果化为乌有，所有人类战舰除黄昏号外均被增援舰队歼灭。而后奥星上的斯巴达战士和哈尔西博士等人听从人工智能“盛夏”的指令，摧毁了数个哨兵生产线，最后在登陆的星盟部队前进入了盾世界的内部空间并关闭了大门。科特为掩护而留下来引爆核弹消灭登陆部队。大门关闭后，奥星防卫系统完全启动，将星系内所有战舰全部歼灭（黄昏号目睹了全过程，但不清楚其是否逃脱攻击成功跳跃。）

战后根据一些零散资料，在战后，人类开始大规模发掘先行者遗迹并学习其技术。先知一族神秘消失，星盟中盛传其最终踏上了先行者的“朝圣之旅”。星盟因为没有了强力的领袖，逐渐分崩离析。而据有关资料表明，普雷斯顿·科尔上将的珠穆朗玛号当时已经撤离，科尔带领着这些人到一个星球上过起了世外桃源的生活。
在战后不久，军情局将斯巴达计划所有内幕尽数曝光，并设法进入了奥星逮捕了哈尔西博士，将其以叛国罪关押在03光环附近区域。同时开始进行以成年自愿者为对象的斯巴达四期计划以及对应的雷神锤7动力装甲。
2553年3月1日，位于新蒙巴萨的战争纪念碑树立，墓碑一脚不知被谁刻上了士官长的编号117。
精英社会由于星盟的崩溃而逐渐出现裂痕，一批精英好战分子准备彻底灭绝人类。神风烈士向UNSC发出警告信息并试图阻止但感觉力不从心。军情局与精英中的原教旨主义势力接触，试图使其发动内战以消除隐患。而同时，一名精英舰长在他曾经毁灭的一个人类星球上发现了先行者“神使”的遗迹，决定调整心态，继续以对先行者的信仰进行他们的战斗。同时，远地殖民地的反政府武装也开始加紧进攻UNSC，成立了法尼齐亚自治联盟。一艘军情局巡游舰在研究中遇上了343罪恶火花的本原——由古人类查卡斯的GEAS制作而成的引导者。查卡斯对他们说明了一些史前故事后，将舰上人员全部冷冻，带着巡游舰踏上寻找同伴的路程。
2558年，航向黎明号的残骸在飘渺的宇宙中飘荡着。科塔娜用心整理了至今为止所有的资料。此时残骸逐渐靠近了一个未知星球，舰上设备受影响发生事故。科塔娜将士官长紧急解冻，士官长逃出船舱后，发现残骸正循着引力落向这个星球的一个内部入口。

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