故事开始起由和该平行世界的设定：
　　在【1】世界的最后，和剧场版一样，第三次冲击发生，世界被补完，真嗣作为第18使徒与Adam融合。真嗣在红之海边想要掐死明日香的时候明日香醒来，说出了那句经典台词「気持ちワルイ」，对真嗣来说代表了他被拒绝，绝望的真嗣在这瞬间利用了自己体内的Adam/使徒之力创造了多个平行世界，并且逃避到了平行世界中去，这个世界在故事结尾之前一直停留在这一时刻。
　　Retake故事发生的平行世界【2】是【1】世界中的真嗣(以下简称使徒真嗣)在时间轴上“逆行”到达的平行世界之一，可以说是这个世界是他为了赎罪所创造的“梦之世界”(相对于【1】的世界来这个世界只是虚构的，但是即使【1】的真嗣消失这个世界依然会存续)。这个世界还处在对战第12 使徒时真嗣从迪拉克之海逃出后的时点。由于带有使徒特性/Adam之力的真嗣进入了这个世界并强制附在了过去的自己身上，对这个世界产生了巨大的影响，以下总结为三点。
　　1.由于使徒真嗣本身已经是一个单独的使徒个体，与死海文书中这个世界只有17名个体Angel(第十八使徒“人类”除外)相冲突，于是世界为了修正这个矛盾，将最接近人类的第17使徒诸熏的使徒特性消除，也就是说，在Retake故事刚开始的时点，也就是使徒真嗣附在“自己”身上醒来的瞬间，在Seele总部的诸熏的使徒之力因此消失了，而真嗣成为了这个世界里的第17使徒；同时元渡手上的Adam也消失了，这是由于使徒真嗣同时也是Adam融合体，同一个世界里面是不允许有两个相同的存在并存的，所以在使徒真嗣降临时元渡手上的Adam便与自己的相同存在——真嗣融合了。也就是说，此时的真嗣已经是第17使徒+Adam的融合体，随时可以引发第三次冲击，缺少的只是契机——“求生的欲望”，只要真嗣产生“我想活下去”的欲望的一瞬，Adam之力就会启动(Orz，超级定时爆弹)，全人类就会灭亡。这就是为什么EOE明日香对真嗣说“只要你有求生的欲望，那个‘我’就会死”。之所以之后与剩余使徒战斗的时候真嗣会发挥出超人的力量就是因为使徒根本无法与Adam的力量相抗衡。
　　Seele在调查发现真嗣成为使徒时并不得不改变补完计划，让已身为人类的诸熏驾驶2号机消灭使徒真嗣后以第18 使徒的身份与Adam(也在使徒真嗣体内Orz)融合来继续自己的补完计划，这就是为什么第三卷中的诸熏对凌波自我介绍说“我是来杀真嗣的”。但是这个可能性却因为这次loop世界的2号机的自爆彻底泡汤，以人类之躯的诸熏已经不可能杀死使徒真嗣，这就是第二卷结尾处诸熏望着2号机自爆现场的独语“这个与剧本不一样”的意义。当然，直到最后完结篇之前，使徒真嗣并没有自觉自己的真实身份。这里要说的是，哪怕使徒真嗣在这个世界中一步走错发动了第三次冲击，那么迎来的将是“只有他一人生存的世界”，不能接受这个结局的他会使用Adam之力重新卷回，就像寒蝉的世界一样，永远无限的绝望轮回，所以EOE明日香才说这是一个永远停滞不前的永劫牢狱。我们看到的这次Loop之前又有多少次是以绝望的Bad end收场呢？

　　2.在使徒真嗣逃入这个世界时，【1】世界中的物流明日香的意识也被牵入这个世界，与真嗣不同，她在这个世界以思念体的形式诞生，并继承了【1】世界中的明日香的全部记忆(以下简称其为EOE明日香)，所以对真嗣有着极大的仇恨。同时因为她明白真嗣已经是使徒+Adam融合体，所以她才会对真嗣说你做什么都是徒劳的。理论上除了真嗣外没有人能看见她，Retake最终话凌波也许是因为具有第2使徒的灵魂才能注意到她的存在。已经预知了破灭的未来加上对真嗣的怨恨使得她决定在这个世界中当个旁观者并对“徒劳的”真嗣几加嘲弄。但是最后她被坚持不懈的真嗣/零所感动,加上小明日香的说得，与使徒真嗣共同战斗迎来了这个世界的终结。

　　3.请注意Retake中曾经三度出现过的真嗣的心象风景：树下给孩子喂奶的明日香。对真嗣来说，他唯一的小小愿望就是一个幸福的家庭，拥有自己的一个女儿。“梦の中だけに思い描いた漠然とした幸福な未来。二人の幸せを象徴する娘。”于是在真嗣的心象侵蚀这个世界，也就是这个梦之世界诞生的时候，作为这个世界的“神”——真嗣和明日香的女儿这一概念诞生了(因为在她与EOE明日香交流时是以极其貌似幼年明日香的形态出现，简称其为小明日香)，仅仅是概念的她，在这个世界中取代了ユイ的灵魂成为初号机中寄宿的灵魂 。对战14使徒时切断初号机神经联系的就是她，不过这已经是她能做到的最大限了。同时在这次的轮回中，这个世界的明日香真正怀上了真嗣的孩子，而本来没有实体(甚至思念体)的她便利用这一机会(因为同样是真嗣和明日香的孩子这一存在)干涉现实，2号机自爆时保护这个世界的明日香的，就是她肚中的胎儿(=小明日香)，借用母亲的心之力， 小明日香得以在最终战中获得实体去说得EOE明日香，移动朗基努斯之枪，从而改变了这个无限循环(EVA版羽人 )

　　其他注意的细节：
　　1.这个世界的碇元渡：
　　我们都知道，元渡的唯一目的就是能与唯再相见，在这个世界使徒真嗣降临的时候，元渡失去了手上的亚当，而且他也觉察到了初号机中的唯的灵魂的消失(被小明日香取代)，他已经明白了自己的计划的失败。同时，也意味着他从“过去”的枷锁中被释放了出来。在与送请柬的真嗣的对话中便可以看出他态度的微小改变。
　　在Retake完结篇中，元渡之所以会回到莉莉斯那里，仅仅是抱着一种微小的期待，也许手上的Adam能够回来，而唯的灵魂也能够复归，但是当他意识到现实已经不可能的时候，他决定尝试作为一个父亲的身份离开。将速射阳电子炮交托给零目送她前往真嗣的战场之后，他微笑的接受了律子的复仇并离开了这个世界”
　　还记得吗？Retake-after里提到他临终交给律子的阳电子炮启动密码：“Future”

　　2. 比较敏感的话题，retake中的凌波 
　　TV版到对战第12使徒为之，可以说凌波对真嗣已经产生了很深的好感，因此在Retake中使徒真嗣因为“得知了未来(凌波的真面目)”(实际原因前面已经写出来了)以及想要保护明日香而疏远了她，使她感到了被背叛的感觉，第一卷中的坏掉确实让很多凌波党感到怨念。但是真嗣毕竟还是个14岁的少年，并没有考虑到之前自己行为的后果。他为自己的举动后果而后悔，但是又无可挽回，因为下一个凌波虽然继承了前一个的记忆，但是已经不是那个曾经和他有过共同回忆的凌波丽了。
　　以下链接是官网对Retake的剧情补完小说，●RE-TAKE补完计画その1就是描述Retake1结尾和Retake2开头间的剧情，真嗣受丽的自杀打击住院N天，中间提及了那个“谜之一周”，真嗣的内心描写非常详细。
　　http://www.kimigabuchi.com/hokan/index.html
　　“第3个凌波”如大家所料的登场，虽然继承了记忆，不过她对真嗣的表现显得冷静多了。真嗣在送请贴时对凌波的表白诚实的说出了自己的心声，而女神也微笑着原谅了她，那句“谢谢你”表明了两人心灵的相通。虽然这本并不是真嗣/凌波配对，但是从最后结局和After的剧情就能看出，她也因为真嗣的付出而得到了拯救，从没有心的人偶变成了一个坚强的女孩。从她在完结篇中自主去驾驶零号机援助真嗣就能看出来
　　在Retake完结篇中与EOE明日香的接触使她明白了这个世界的真相，retake4最后的台词“这只是开始——我们自己的故事”表明了她决定正视自己的感情并付诸于行动，创造自己的物语(After里不就开始和这个世界的明日香抢真嗣了么？)
　　(以下一小段为个人观点)
　　所以说Retake是拯救的物语，虽然女神在这篇里的戏份很少，但是她也得到了拯救，对女神来说，我觉得真正最大的幸福不是和真嗣在一起，而是能够至少获得一份作为真正“人的情感”，敢哭，敢笑，敢怒，敢囧(咳，最后一个是你的幻觉，真的)对我来说，After篇中的潇洒的女神比TV中的无口更让我感到欣慰。
　　以下是很多凌波党理所应当会作出的反驳，这很正常：

　　算了吧，所谓“获得作为真正“人的情感”，敢哭，敢笑，敢怒，敢囧”的丽，已经根本不是丽了
　　真正的REI，即使在最幸福的时候，所展现的也只是一个微笑而以，她只要静静地，风华绝代地站在那儿，就能让万千绫波教徒深深迷醉

　　我想说的是：
　　获得“人的情感”不等于就让凌波去Cos明日香，论断老是取极端可不行。
　　女神的气质是无可否认的，但是我们是否有资格认为女神这辈子就应该永远“静静地，风华绝代地站在那儿”做一个人偶给Fans瞻仰？难道她不应该去自主追寻属于自己的幸福么？如果某人的回答是不的话，那我只能说他是伪非Fans。我希望她获得获得“人的情感”是因为我“希望”她可以获得幸福，跟审美无关。
　　我们天天在说“为了女神的那一个微笑而着迷”，请扪心自问，那一刻的她为什么那么迷人？因为那一刻，她不再是没有心的人偶，这个从无到有过程其实才是美丽的来源 
　　在Retake完结篇中，EOE明日香和女神有一段对白：

　　凌波：我不会让真嗣死的。
　　EOE明日香：什么啊，又是那个司令的命令么？真不知道该说你是个听话的优等生还是具人偶。
　　凌波：因为……约定好了，我与真嗣最珍视的人约定好了！！

　　这一段给我的感动甚至和明日香的告白不相上下。这一刻的她并不是遵循自己的宿命，而是以自己的意志去争取未来！
　　原作中的女神在具有了情感的萌芽后便与16使徒同归于尽，而再次出现便是在剧场版中的永远别离，终究她没有摆脱自己的宿命。所以Retake结局中的脱离了宿命的束缚的，能够活在平常生活中的，有了一份人的感情的，依然不失女神魅力的凌波才意外的令人感动。

　　(PS：另外一篇●RE-TAKE补完计画その2是描述Retake2中明日香和真嗣发布结婚宣言到第16使徒战前的剧情补完，一样很感人，再想想第16使徒之战，泪……)

　　最终结局：

　　真嗣“守护人类”的强烈愿望使得他成功抑制了体内的Adam之力，并且有了EOE明日香的支持，在没有引发第三次冲击(Adam之力发动)的情况下成功的消灭了全部的量产机。
　　朗基努斯圣枪——消灭使徒存在的兵器，因为使徒真嗣的存在就像是这世界的一颗定时炸弹，有了觉悟的使徒真嗣和EOE明日香用朗基努斯之枪自裁，将身为使徒的自己在这个世界的存在消灭，于是陷入永劫轮回的这个世界再次以正常的步调前进，同时作为梦之世界的“神”的小明日香消灭，在消失之前她将从明日香那里借来的“心”归还从而使明日香恢复正常。而使徒真嗣和EOE明日香消灭后，作为“容器”的这个世界的真嗣也重新苏醒，当然，他还停留在12使徒之战之后的状态。正如“After”中凌波所说：“你从一开始就没有那些记忆”，自此Retake世界以完美大结局结束。
　　消灭的使徒真嗣和EOE明日香去哪里了呢？他们和【1】世界的两人的关系就和蘑菇世界观里的英灵/英灵座上的本体关系类似，本来应该是完全消灭，作为虚构世界的存在并不应该对现实(【1】世界)有所影响，但是，这不能不称作奇迹，
　　虚构世界では本来発生しないはずの「二人の心の成长」という因子。これは、缲り返した世界ゆえ淀んだ流れゆえ孵化することが出来た稚鱼のようなもの。
　　果たして稚鱼は流れを遡上し、源泉へと达した。(这段原文太美了，我就直接贴上来)
　　消灭的使徒真嗣和EOE明日香的成长并没有消失，如同做梦一般，这份心情确实传回到了本篇红之海边的两人心中，于是【1】世界中静止的时间再次流动，虽然还没有完全原谅彼此，真嗣和明日香间的距离确实因为Retake世界这个“梦”而缩短，最后的两人小指交叠正是反映了这个。可以说，这意味着本篇世界的真嗣二人也得到了拯救(见下文)。

　　Retake4最后出现的红之海中的小女孩以及最后的牵小指：
　　然后是，被海浪送到命之海(红之海)岸边的一位少女。
　　EVA剧场版第三次冲击中
　　真嗣在初号机中听到的台词之一
　　「人が望めば、自分の姿を取り戻すことが出来る」(人类如果自己希望的话，是可以回到原来的肉体姿态的)
　　这个少女就是体现这句台词的最初的人类代表。
　　幼小的她不像大人会选择留在原地把握目前的状况，而是顺着自己的好奇心犹豫的在海边徘徊。这时她看到了自己以外的两个人类。
　　背靠着瓦砾休憩的，当然是真嗣和明日香两人。
　　RE-TAKE的故事，就以两人勾手的浪漫镜头结束。
　　重合的两人的小指，是现在两人心情的投影写照：
　　不想相互接触，如果接触太深，又会伤到彼此。
　　但是矛盾的是又抑制不住想要彼此接触的心情，如果用某种尺度衡量的话，那就是一根小指的允许范围。
　　重合的两人的小指，就是在彼此心中对方的证明。
　　也可以这样说：
　　虽然仅仅是经历了一场“那个世界”的梦，
　　本篇的二人最后终于能够承认对方的存在——虽然是从一根小指的程度开始

　　至于这个镜头的意义，则是作者想要表达的对原作结局的期望：
　　ラストシーン近くで、命の海から还ってきた少女。
　　彼女は、纯粋に読者の视点となる存在と解釈するのが普通だ。
　　しかし、エヴァの二次创作という観点から见ると、また别の役割を担わせることが出来る。
　　人类の肉体の境界线がなくなってLCLと化し、
　　それが集まったのが命の海。
　　すべての个人の心が相互补完されいる世界は、
　　现実とは别の虚构の世界。
　　海の外にこそ现実があるのかも知れないが、
　　それを确认する术は命の海に溶けてしまった人类に存在しない。
　　なぜなら、エヴァ本编での现実はそこで止まっているから。
　　本编で人类の还ってくる描写はされていないのだから。
　　この対比构造も、RE-TAKE内における赤い海の现実の世界と、
　　シンジがその结末を拒否し生み出した无数の虚构世界とに当て嵌まる。
　　そして、その虚构世界から还ってきた少女は、
　　几つもの二次创作の数々の果てに创りだされたRE-TAKEという本と同じだ。
　　両者の前に提示されるは、本编から动き出した别の结末。
　　…この物语は、きみまる氏がエヴァという作品を爱するゆえに、
　　アスカというキャラクターを爱するがゆえに描かれた、エヴァ本编に対する挑戦である。
　　その挑戦の是非や结果を、わたしは一切语る言叶を持たない。
　　また、仮に胜败があるとするならば、それは読者自身に委ねられることだと思う。
　　ただ许されるならば、読者のみなさんにこのような问い挂けをわたしは発したい。

　　以上就是最大的几个疑点了，其他还有很多小细节，大家细看几遍就能理解，我只想用两个词的组合来概括这个作品就是“寒蝉”和“Answer"。或者稍微有点日文底子的最好直接去爬原考证，这个世界观细腻合理到根本不像是一般二次创作同人的级别，我已经没有合适的语言来表达我对作者的敬意了。