秦统一以后，军队有过两次最大的集结。这是广西桂林附近一个叫严关的要塞，50万秦军曾从这里南下，与土著人作战。当起义突然爆发的时候，这部分秦军正在戍守刚刚平定的南部疆土。在帝国存亡的关头，他们选择了沉默。司马迁记载，当地的最高长官下令，堵塞南北之间所有的通道，军队严禁北上作战。南部的50万秦军就这样彻底抛弃了自己亲手创建的大帝国。这支军队可以称之为不作为的。但是50万大军为什么这么做，却没有相关记载。
秦军的另一支主力在帝国的北疆。打败了匈奴骑兵以后，30万精锐并没有南撤，而是镇守在长城沿线。当都城告急的时候，这支秦军开始南下。但是，没有人确切地知道，它的行动为什么异常缓慢。
在北方的戍边军队（30万大军）在起义之初便东渡南下，镇压起义。蒙恬被囚杀后，驻扎在上郡的三十万边防军的最高长官是王离，也是一个将门虎子。对于王离军的行军路线，有两种解释，一种是南下，归为章邯领导；另一种是直接从上郡东渡，直扑燕赵的义军。出现这种分歧的原因是因为史书对王离军队行军没有详细的记录（这可能是某些观点认为北军行动缓慢或无作为的原因吧）。比较而言，王离直接东渡一说更有些道理。
这是因为，第一，王离的爵位应该高于章邯，不该归为章邯领导。秦朝的二十级爵位等级分明。王家世代为名将，王离的祖父是王翦，秦始皇很器重的一位将军，王离的父亲王贲也在灭六国的战争中立下不少战功。史记载：”翦为宿将 ，始皇师之 ”，又 说“ 秦始皇二十六年 ，尽并天下 ， 王氏 、蒙氏功为多 ， 名施于后世 。” 并屡屡以名将称王离，秦始皇二十八年的时候王离就已经被封为列侯，也就是二十级爵位中最高的一级。而此时章邯还是一个无名小卒。义军起，章邯立了不少战功，即便是连跳多级，在很短的时间到列侯也不容易，即便是到了列侯，论资历也不如王离。
第二，王离没有必要舍近求远，从上郡先南下，在东向，去加入章邯的军队。因为和上郡一河之隔的燕赵一带已经是义军的天下了，直接东渡便可击敌，另外，《王翦传》上也说了二世让王离击赵，当时还有人为赵担心说王离是秦之名将。以强秦之兵，攻新造之赵，赵估计守不住了，而此时章邯还在黄河南与楚地的几股义军作战。在章邯军向北渡河击赵之前，王离军已经把邯郸围了，其实看当时的情形，大致四处的义军都灭的差不多了，比较大的一股就是赵了，本来章邯、王离合击一个赵国，该是小事一桩，可惜偏偏遇上了项羽。
简而言之，北方的戍边部队在起义爆发后，从上郡的东边渡过黄河，经太原，井阱入赵地（在井阱遭遇过赵军一次，并打败了它），东进恒山、巨鹿等地，并乘赵内讧南下攻赵。不过王离的军队应该不足三十万之数，因为秦末中原大乱，“诸秦所徙适戍边 者皆复去 ”估计十几二十万的样子吧。这支军队在巨鹿之战时，随着王离、苏角、涉闲的被虏被杀而崩溃了。此时章邯并没有正面参加巨鹿之战，最初他守在棘原。
王离溃败后，他才在漳水南岸与项羽发生大规模战斗，不过项羽军因为新胜，士气比较足，在加上项羽的勇猛，章邯不得不一再避起锋锐，可惜这时后方的赵高容不下章邯，迫使章邯投降项羽，他手下的二十万秦军精锐部队后来也被项羽坑杀在新安。至此秦朝的最后两支主力－－北方戍边的王离军和内地集结四处兵力而成的章邯军－－都被彻底消灭了。