如今世界各地谁都在使用智能手机应用。而在这些应用背后潜藏着人们还不知晓的「应用怪兽」，通称「应用兽」。应用兽是以自我意志行动的具备人工智能的应用生命体，在人类世界与数码空间的狭缝中充当为系统与人类互动的功能。
但是，潜伏在网络之海的“凶恶最终BOSS人工智能·利维坦”利用病毒操控应用兽，开始入侵各种系统，企图从网络一侧控制人类世界。
主人公少年新海ハル（CV：内山夕实）被莫大的意志引导得到“应用驱动（Appli Drive）”（CV：高木涉），用“应用兽芯片（Appmon Chip）让搜索应用的怪兽Gatchmon（CV：菊池心）实体化。隐藏在“应用驱动”中的谜团，位于应用兽潜藏的网络世界与现实世界中间位置的不可思议的区域，以及两体应用兽不断进化的“应用合体”是？“利维坦”真正的目的到底是…!?
喜欢读书的少年ハル与搜索应用的怪兽Gatchmon这对不平均的组合在网络与现实世界驰骋的新感觉伙伴物语现在即将启动！