南京动车段成立于2016年3月29日，原先的上海动车段不光管辖南京、南京南动车运用所，还管着上海南、虹桥、杭州、合肥南等动车运用所。现在南京动车段将其中的一部分分出去了，南京、南京南、合肥南、徐州东动车运用所将属于南京动车段管辖，这个动车段和南京站属于同一级别。随着南京出发高铁、动车线路的大量开通，在这些线上跑的车子也越来越多，车辆日常检修则是一件大事。成立南京动车段，能更快、更好地对这些车辆进行检修，提高效率。