二、萧齐（公元479—502年）
萧齐（南齐）官制，与刘宋大体相同。《南齐书·百官志》载：“齐受宋禅，事遵常典，既有司存，无所偏废”。
中枢机构设“尚书台”，有尚书令1人，第三品，总领尚书台20曹。为内台主，若无令，则以左仆射为台主，与令同。左仆射领殿中、主客2曹；吏部尚书1人，第三品，领吏部、删定、三公、比部4曹；度支尚书1人，第三品，领度支，金部、仓部、起部4曹；左民尚书1人，第三品，领左民、驾部2曹；都官尚书1人，领都官，水部、库部、功论4曹；五兵尚书，领中兵、外兵2曹，祠部尚书领祠部、仪曹2曹，与右仆射通职，不俱置；另有起部尚书，若有建筑宫庙时临时设置，事毕即罢。此外，还有左右丞各1人，为第六品。
自令、仆以下7尚书20曹各置有郎中，又有武库令1人（属库部），车府令1人（属驾部），公车令1人，大官令、丞各1人，大医令、丞各1人，内外殿中监各1人，内外骅骝厩丞各1人，材官将军1人，司马1人（以上均属起部或属领军）。
武职官有领军将军，中领军；护军将军、中护军。诸将军皆敬重领、护两将军。但诸王为将军，道路相逢，则领、护必须让道。其下置长史、司马、五官、功曹、主簿等。自两晋以来称领、护二将军、左右二卫将军、骁骑将军、游击将军为六军；前军将军、后军将军、左军将军、右军将军为四军；屯骑、步兵、射声、越野、长水为五校尉；此外，还有虎贲中郎将，冗从仆射、羽林监、积射将军、疆弩将军、殿中将军、员外殿中将军、殿中司马督、武卫督军、武骑常侍等。自二卫（即左右二卫将军）、四军、五校尉已下，称为“西省”，而散骑为“东省”。
萧齐东宫置官也颇为详密：除太子太傅、太子少傅、太子詹事外，还有太子率更令、太子家令、太子仆、太子门大夫、太子中庶子、太子中舍人、太子洗马、太子舍人。以及太子左 右卫率、太子翊军、步兵、屯骑三校尉、太子旅贲中郎将、太子左右积弩将军、太子殿中将军、员外殿中将军、太子仓官令、太子常从虎贲督等。
总之，萧齐官制比刘宋较为繁密。其官品也用九品制（但州刺史乃称“二千石”）。

二、北齐（公元550—577年）
北齐官制，基本上仿照北魏，只有台省位号与南朝略有差别。《隋书·百官志》说：“后齐（即北齐）制官，多循后魏（即北魏）。”中枢最高官置有三师（太师、太傅、太保），位拟上公，非勋德崇者不居；二大（大司马、大将军），典司武事；三公（太尉、司徒、司空）。废帝乾明中（公元560年）又置丞相。武成帝河清中（公元562—565年）分左右丞相，各置府僚。
行政机构设尚书省，置令、左右仆射。又置录尚书一人，位在尚书令之上，职掌与令同，但不负责纠察。下置吏部、殿中、祠部、五兵、都官、度支等6尚书。尚书省的属官又有左、右丞。左丞掌吏部、考功、主爵、殿中、仪曹、三公、祠部、主客、左右中兵、左右外兵、都官、二千石、度支、左右户17曹，又主管辖台中事。有违失者，兼纠骏之。右丞掌驾部、虞曹、屯田、起部、都兵、比部、水部、膳部、仓部、金部、库部十一曹。也管辖台中，但不负责弹劾。6尚书分统列曹。吏部、三公二曹置郎中2人，其余各曹1人，共郎中30人。
门下省，掌献纳谏正，及司进御之职。置侍中，给事黄门侍郎各6人，录事4人，通事令史，主事令史8人，统摄六局；领左右局，掌知朱华阁内诸事；尚食局，总知御膳事；尚药局，总管御药之事；主衣局，掌管御衣玩弄之事；斋帅局，负责铺设洒扫之事；殿中局，掌管驾前奏引行之事，制请修补，耕种则进耒耜。
中书省，置监、令各1人，侍郎4人。传达王言，及宫殿乐队，并司伶官西凉部直长，伶官西凉四部，伶官龟兹四部，伶官清商部直长，伶官清商四部。又兼领舍人省，中书舍人、主书各10人。
秘书省，典司经籍，置监、丞各1人，郎中4人，校书郎12人，正字4人。又统领著作省、郎2人，佐郎8人，校书郎2人。
集书省，掌讽议左右，从容献纳。置散骑常侍，通直散骑常侍备6人，谏议大夫7人，散骑侍郎6人，员外散骑常侍20人，通直散骑侍郎6人，给事中6人，员外散骑侍郎120人，奉朝请240人。又领起居省，散骑常侍，通直散骑常侍，散骑侍郎，通直散骑侍郎各1人，校书郎2人。
中侍中省，掌出入门阁。置中侍中2人，中常侍中、给事中各4人。又置中尚药典御及丞，中谒者仆射各2人。中尚食局，典御、丞各2人，监四人。内谒者局，统、丞各1人。
此外，又有御史台，掌察纠弹劾；都水台，掌诸津桥；谒者台，掌诸吉凶公事，导相礼仪事；卫尉寺，掌禁卫甲兵；大宗正寺，掌宗室属籍；太仆寺，掌诸车辇、马、牛、畜产之属；大理寺，掌决正刑狱；鸿胪寺，掌蕃客朝会、吉凶吊祭；司农寺，掌仓市薪菜，园池果实；太府寺，掌金帛府库，营造器物；国子寺，掌训教贵族之子；长秋寺，掌诸宫阁；将作寺，掌宫廷营造；昭玄寺，掌佛教事宜。北齐也设九卿，其职掌略如前代。
北齐还特置“行台”，这是在国都以外的中央机构，有令、仆射及尚书郎、丞，均随权制而置员。