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晚更新世西伯利亚狼身上的CBD103基因3bp缺失最早记录

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发现地点


IP属地:河北来自iPhone客户端1楼2023-05-24 18:43回复
    该文章提到在1万4千年前西伯利亚Tumat的一古代狼(或者形态上接近狼狗杂交?)中发现了CBD103三个碱基的缺失,且为杂合(所以很可能是黑色毛发的个体),这是迄今为止最早的关于晚更新世西伯利亚狼身上CBD103 3bp缺失的证据。研究者认为这个证据让KB起源于狼的可能性提升(可能很早就在狼种群中低频存在)。但由于其年代(晚于家犬被驯化的时期)也不能排除KB起源于家犬,并通过杂交从家犬杂交渗入狼种群,也不能排除KB突变可能有多次独立起源(值得一提的是Schweizer等人在18年的研究中建立的K基因座NJ树表示意大利狼的KB和北美狼的KB是独立起源的)。
    研究方法:首先是用有针对性的PCR扩增CBD103的特定区域,使用特定的引物,只扩增3bp缺失的片段,而没有缺失的片段不会被扩增。筛选出有缺失的片段后进行比对读取,研究者使用samtools tview工具从古代狼的基因组数据中提取与目标基因座相对应的比对读取,从古代狼测序数据中寻找相匹配的测序片段。接着通过可视化检查提取的比对读取来确定每个古代狼狼个体的基因型,发现其中只有一个个体(Tumat2)的比对读取中存在同时包含缺失和不包含缺失的读取片段,说明这个是KB杂合基因型(KB/ky)。


    IP属地:河北来自iPhone客户端2楼2023-05-24 18:44
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      [1] Bergström, A., Stanton, D.W.G., Taron, U.H. et al. Grey wolf genomic history reveals a dual ancestry of dogs. Nature 607, 313–320 (2022).
      [2] Rena M Schweizer and others, Natural Selection and Origin of a Melanistic Allele in North American Gray Wolves, Molecular Biology and Evolution, Volume 35, Issue 5, May 2018, Pages 1190–1209,


      IP属地:河北来自iPhone客户端3楼2023-05-24 18:45
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        来源


        IP属地:河北来自iPhone客户端4楼2023-05-24 18:46
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          (图1-2) 补充材料截图
          (图3-4)Schweizer等人在18年的研究中建立的K基因座NJ树


          IP属地:河北来自iPhone客户端5楼2023-05-24 18:47
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            前情提要
            关于狼(尤其北美狼)的典型的毛色为灰色或黑色,其中黑毛由犬β防御素3(CBD103)基因编码序列中3个碱基对缺失导致。这种编码的缺失被称为KB等位基因。


            IP属地:河北来自iPhone客户端6楼2023-05-24 18:50
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              如图是一个黑素细胞,其中CBD103替代基因(K基因座),编码受体的替代配体。
              1祖先野生型CBD103(ky)使Agouti-Mc1r基因正常作用,Agouti抑制Mc1r功能,细胞产生类黑素,真黑素合成受抑制 灰色被毛。
              2 三个核苷酸缺失的突变型CBD103基因(KB)导致替代配体去竞争受体位置,阻止Agouti功能,产生真黑素,导致黑色毛发显性遗传。


              IP属地:河北来自iPhone客户端7楼2023-05-24 18:51
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                那些棕色的狼呢?


                IP属地:浙江来自Android客户端8楼2023-05-24 20:54
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                  野生型


                  IP属地:河北来自iPhone客户端9楼2023-05-24 21:36
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                    大型灰狼真的是最帅最帅最帅最帅最帅最帅最帅的生物!!


                    IP属地:广东10楼2023-05-25 00:38
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