该文章提到在1万4千年前西伯利亚Tumat的一古代狼(或者形态上接近狼狗杂交?)中发现了CBD103三个碱基的缺失,且为杂合(所以很可能是黑色毛发的个体),这是迄今为止最早的关于晚更新世西伯利亚狼身上CBD103 3bp缺失的证据。研究者认为这个证据让KB起源于狼的可能性提升(可能很早就在狼种群中低频存在)。但由于其年代(晚于家犬被驯化的时期)也不能排除KB起源于家犬,并通过杂交从家犬杂交渗入狼种群,也不能排除KB突变可能有多次独立起源(值得一提的是Schweizer等人在18年的研究中建立的K基因座NJ树表示意大利狼的KB和北美狼的KB是独立起源的)。
研究方法:首先是用有针对性的PCR扩增CBD103的特定区域,使用特定的引物,只扩增3bp缺失的片段,而没有缺失的片段不会被扩增。筛选出有缺失的片段后进行比对读取,研究者使用samtools tview工具从古代狼的基因组数据中提取与目标基因座相对应的比对读取,从古代狼测序数据中寻找相匹配的测序片段。接着通过可视化检查提取的比对读取来确定每个古代狼狼个体的基因型,发现其中只有一个个体(Tumat2)的比对读取中存在同时包含缺失和不包含缺失的读取片段,说明这个是KB杂合基因型(KB/ky)。
研究方法:首先是用有针对性的PCR扩增CBD103的特定区域,使用特定的引物,只扩增3bp缺失的片段,而没有缺失的片段不会被扩增。筛选出有缺失的片段后进行比对读取,研究者使用samtools tview工具从古代狼的基因组数据中提取与目标基因座相对应的比对读取,从古代狼测序数据中寻找相匹配的测序片段。接着通过可视化检查提取的比对读取来确定每个古代狼狼个体的基因型,发现其中只有一个个体(Tumat2)的比对读取中存在同时包含缺失和不包含缺失的读取片段,说明这个是KB杂合基因型(KB/ky)。